Graças a uma pedagogia diversificada, Scholae tem como objetivo colocar o aluno no centro do processo de aprendizagem. Mesmo se o curso tipo “palestra” continua a existir em Scholae, o trabalho de grupo com alunos do mesmo nível ou de níveis diferentes é particularmente privilegiada. Scholae rejeita o conceito de turmas de idade em que todos devem ser idênticos. Em reposta, módulos de cursos de sete semanas são desenhados podendo ser seguidos por alunos de idades diferentes, cada um ao seu ritmo, encaminhados paralelamente. Enquadrado e supervisionados pelos professores, cada módulo de curso é abordado através do questionamento de alunos.
O estudante, durante o seu tempo pessoal de trabalho individual ou em grupo, será confrontado a uma problemática que terá de resolver. Em vez de receber passivamente uma série de deduções por ele não elaboradas, o estudante é colocado ao centro de um método indutivo e identificado como descobridor do conhecimento. O trabalho em grupo leva à elaboração de um saber concreto, estruturado e pensado, facilitando assim, ao aluno do grupo, a fácil de o assimilação do conhecimento construído por ele e pelos seus pares.
Longe de ser visto como desvantajoso, a diversidade e a possível heterogeneidade de cada aluno são fontes de riqueza para a escola. Cada um progride ao seu próprio ritmo, contribuindo para a formação dos seus pares ou recebendo informação de outros colegas mais avançados em certas matérias. Acima de tudo, cada um tem tempo para refletir e construir o seu próprio juízo. Ao multiplicar os processos de aprendizagem – trabalho em turmas, grupos, trinómios ou trabalho individual – Scholae visa desenvolver a capacidade de autoavaliação e de interajuda de forma inteligente e precisa. Para tal, são preparadas grelhas de avaliação bem definidas que incluem a qualidade da evolução do aluno, o seu envolvimento no trabalho e até a sua capacidade de organização.